1、服务相关术语 

2、Docker容器

      Docker 出现之前，你要安装一个软件，你需要下载软件包，下载该软件所的库文件，编译，安装，配置，最终让该软件跑起来。一旦中间有个步骤出错，还需从头再来。本来想搞业务，却不得不先面对各种环境调试安装，痛苦之处可想而知。

      而用了 Docker 之后，你只需要pull一个镜像，run一个容器，你的软件就跑起来。所有的依赖，都在镜像里帮你做好了，你完全不用care这个软件怎么安装的，只需要会用就行了。

Docker容器技术使得应用程序可以在几乎任何地方以相同的方式运行。开发人员在自己笔记本上创建并测试好的容器，无需任何修改就能够在生产系统的虚拟机、物理服务器或公有云主机上运行。

它可以很好的解决测序软件的各种版本运行在各种环境下的问题。比如，同一个VM上同时运行两个不同版本的GATK软件。这在传统的VM模型中是不具备的，这就给基因测序构建复杂业务场景，提供了便捷性。因为环境如果损坏，可以通过容器技术，轻松的恢复。

2.1、Docker容器镜像

Docker镜像和Docker容器的关系，就像软件和进程的关系。跑起来叫容器，还没跑的文件叫镜像。

一个Docker镜像是运行一个软件所需要所有依赖的最小集。并不需要将整个OS系统放入镜像，所以Docker镜像相比VM镜像，会小很多。

2.2 如何获取一个软件对应的Docker镜像

要获取一个软件对应的Docker镜像，并不一定需要自己制作。有很多方式来获得一个Docker镜像：

1. 首先就是从DockerHub仓库搜索

2. 然后可以Google搜索一下软件名+docker关键字，也许会有Github仓库收录

3. 再不然可以自己制作，自己制作镜像又分两个门派。快照派 vs  DockerFile派

4. 最后就是求助华为容器镜像团队，协助帮忙制作啦。

下面我们分别介绍各个方法。

3、从DockerHub搜索

作为全球最大的Docker镜像中心，DockerHub网站提供了40万+的各类软件的公开Docker镜像下载，并以每周5K的速度在持续增长。所以除了是你自己开发的软件，一般都可以在这里找到对应的镜像版本。https://hub.docker.com/

举例来说，我们需要 bwa软件的镜像，可以搜索得到：

选择需要的软件版本就可以了。

PS：有以下几类软件，我们推荐从DockerHub获取，而不是自己制作的。

3.1 基础运行OS环境

像Ubuntu，Suse，Centos等这类基础OS类的镜像，我们建议直接从DockerHub获取官方认证版的。

3.2 基础编程语言类

像Java，Python，R语言，Golang等这类基础编程语言类的镜像，我们也建议直接从DockerHub获取官方认证版的。

3.3 基础通用类软件

像Tomcat，Mysql，Ngnix等这类常见的通用类的软件，我们也建议直接从DockerHub获取官方认证版的。

4、从Google搜索

基础运行OS环境虽然DockerHub可以搜索解决80%软件的问题。不过有些软件如果位于第三方的镜像仓库中，我们可以通过Google搜索来查找相关镜像。只需要把软件名加上docker关键就可以。比如：

可以看到，一般排第一个的也就是DockerHub仓库。

5、自己制作Docker镜像

自己制作Docker镜像，主要有两种：

1. 找一个干净的基础镜像，比如Ubuntu，然后登陆系统里面把软件安装上。然后整体打个快照，就拥有了想要的软件的Docker镜像。这个就跟Ghost光盘一样。

2. 第二种就是把软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建。

两个的构建原理是一样的，可以理解为第二种是对第一种的自动化。

5.1 打快照方式获得镜像（偶尔制作的镜像）

示例图如上，具体操作： 

1. 找一台主机，安装好Docker

2. 启动一个空白的基础容器，并进入容器。比如启动一个 CentOS的容器。docker run -it centos.

3. 执行安装任务。敲你平常敲的那些

4. 退出容器。exit：退出容器

5. 给刚才的容器，打个快照。docker commit -m "xx" -a "tsj" container-id tsj/image:tag

• -a : 提交的镜像作者；

• container-id : 刚才跑命令的容器id。可以使用 docker ps -a 查询得到；

• -m : 提交时的说明文字；

• tsj/image:tag : 仓库名/镜像名:TAG名

最后通过 docker images 查看得到的Docker镜像。

5.2      Dockerfile方式构建（经常更新的镜像）

上一步做镜像的方法，如果后续镜像都不变化，还行。如果经常要换（比如某个软件更新版本），那么你打镜像得累死。因为每变一次你就得重新执行那么多命令。

这时就需要使用自动化打镜像的方法。

就是把第一种打镜像的方法，用文件写出来（这个文件叫做DockerFile）。 然后执行：

docker build -t tsj/image:tag

命令，它就自动完成镜像制作了。

简单的DockerFile举例：

#Version 1.0.1

FROM centos:latest

MAINTAINER ***u "***u@163.com"

#设置root用户为后续命令的执行者

USER root

#执行操作

RUN yum update -y

RUN yum install -y java

#使用&&拼接命令

RUN touch test.txt && echo "abc" >>abc.txt

#对外暴露端口

EXPOSE 80 8080 1038

#添加文件

ADD abc.txt /opt/

#添加文件夹

ADD /webapp /opt/webapp

#添加网络文件

ADD https://www.baidu.com/img/bd_logo1.png /opt/

#设置环境变量

ENV WEBAPP_PORT=9090

#设置工作目录

WORKDIR /opt/

#设置启动命令

ENTRYPOINT ["ls"]

#设置启动参数

CMD ["-a", "-l"]

#设置卷

VOLUME ["/data", "/var/www"]

#设置子镜像的触发操作

ONBUILD ADD . /app/src

ONBUILD RUN echo "on build excuted" >> onbuild.txt

详细的可以参考：https://docs.docker.com/engine/reference/builder/

或者《华为云容器仓库SWR 最佳实践》

5.3      DockerFile基本语法

这里给出一些基础的信息

FROM：

指定待扩展的父级镜像(基础镜像)。除了注释以外，在文件开头必须是一个FROM指令，接下来的指令便在这个父级镜像的环境中运行，直到遇到下一个FROM指令。通过添加多个FROM命令，可以在同一个Dockerefile文件中创建多个镜像。

MAINTAINER：

声明创建的镜像的作者信息。用户名、邮箱。非必须。

RUN：

用来修改镜像的命令，常用来安装库、程序以及配置程序。一条RUN指令执行完毕后，会在当前镜像上创建一个新的镜像层，接下来对的指令会在新的镜像上继续执行。RUN 语句有两种形式：

• RUN yum update：是在/bin/sh环境中执行的指令的命令

• RUN ["yum", "update"]：直接使用系统调用exec来执行行。

• RUN yum update && yum install nginx：使用&&符号将多条命令连接在同一条RUN语句中。

EXPOSE：

用来指明容器内进程对外开放的端口，多个端口之间使用空格隔开。运行容器时，通过参数-P(大写)即可将EXPOSE里所指定的端口映射到主机上另外的随机端口，其他容器或主机就可以通过映射后的端口与此容器通信。同时，我们也可以通过-p(小写)参数将Dockerfile中EXPOSE中没有列出的端口设置成公开的。

ADD：

向新镜像中添加文件，这个文件可以是一个主机文件，也可以是一个网络文件，也可以使一个文件夹。

 •第一个参数：源文件（夹）。如果是相对路径，它必须是相对于Dockerfile所在目录的相对路径。如果是URL，会先下载下来，再添加到镜像里去。

 •第二个参数：目标路径。如果源文件是主机上zip或者tar形式的压缩文件，Docker会先解压缩，然后将文件添加到镜像的指定位置。如果源文件是一个通过URL指定的网络压缩文件，则不会解压。

VOLUME：

在镜像里创建一个指定路径(文件或文件夹)的挂载点，这个容器可以来自主机或者其它容器。多个容器可以通过同一个挂载点共享数据，即便其中一个容器已经停止，挂载点也仍热可以访问。

WORKDIR：

为接下来执行的指令指定一个新的工作目录，这个目录可以使绝对目录，也可以是相对目录。根据需要，WORKDIR可以被多次指定。当启动一个容器时，最后一条WORKDIR指令所指的目录将作为容器运行的当前工作目录。

ENV：

设置容器运行的环境变量。在运行容器的时候，通过-e参数可以修改这个环境变量值，也可以添加新的环境变量：

 docker run -e WEBAPP_PORT=8000 -e WEBAPP_HOST=www.example.com ...

CMD：

用来设置启动容器时默认运行的命令。

ENTRYPOINT：

与CMD类似，也是用来指定容器启动时的默认运行的命令。区别在于：运行容器时添加在镜像之后的参数，对ENTRYPOINT是拼接，CMD是覆盖。

• ENTRYPOINT [ "ls", "-l"]

• docker run centos ==> docker run centos ls -l

• docker run centos -a ==> docker run centos ls -l -a

• 我们在运行容器的时候可以通过--entrypoint来覆盖Dockerfile中的指定：docker run gutianlangyu/test --entrypoint echo "hello world"

USER：

为容器的运行及接下来RUN、CMD、ENTRYPOINT等指令的运行指定用户或UID。

ONBUILD：

触发器指令。构建镜像时，Docker的镜像构建器会将所有的ONBUILD指令指定的命令保存到镜像的元数据中，这些命令在当前镜像的构建过程中并不会执行。只有心的镜像使用FROM指令指定父镜像为这个镜像时，便会触发执行。

•  使用FROM以这个Dockerfile构建出的镜像为父镜像，构建子镜像时：

•  ONBUILD ADD . /app/src：自动执行ADD . /app/src

5.4      把本地镜像上传到华为云镜像仓库

华为云Docker镜像仓库SWR服务，在它的界面有提示你如何把本地的镜像提交到云上。

6      华为云容器团队帮忙制作

如果客户已经存在一定业务量，或者开始POC，可提供适当的免费制作服务。

如果制作镜像需求上量后，可提供培训课程关于如何制作Docker镜像。并收取一定的合理费用。